Mikropaleontologija je paleontološka nauka koja je uglavnom proučava fosile koji pripadaju mikroorganizmima. Takvi su načešće bakterije archaea, protisti i gljive, ali oni se takođe proučavaju i mikrofosilni ostaci biljaka i životinja, kao što palinologija proučava polen i spore ili zube mikromamalija, inače u okviru paleobotanike i paleozoologije.
Njegovo izdvajanje kao specijalne paleontologije nastalo zbog tehničkih, praktičnih i primijenjenih razloga, jer su naučna načela ista. Praktična vrijednost mikrofosila u raznim područjima historijske i ekonomske geologije dolazi iz njihove male veličine, obilja i široke geografske rasprostranjenosti u sedimentima svih dobnih skupina i u gotovo svim medijima, morskim i kontinentalnim.